自古以来，中国先贤把五行理论巧妙地运用于医学领域，以五行辩证的生克关系来认识、解释生理现象，尽力适应内部自然规律以养生，努力掌握人体运行机制以防病、治病，取得了无比丰富的经验和成果。
　　一）事物的五行属性归类
　　①归类法：事物的五行属性是将事物的性质与五行的特性相类比得出的。如事物与木的特性相类似，则归属于木；与火的特性相类似，则归属于火等等。例如：以五脏配属五行，则由于肝主升而归属于木，心阳主温煦而归属于火，脾主运化而归属于土，肺主降而归属于金，肾主水而归属于水。以方位配属五行，则由于日出东方，与木的升发特性相类，故归属于木；南方炎热，与火的炎上特性相类，故归属于火；日落于西，与金的肃降特性相类，故归属于金；北方寒冷，与水的特性相类，故归属于水。
　　②推演法。如：肝属于木，则肝主筋和肝开窍于目的“筋”和“目”亦属于木；心属于火，则“脉”和“舌”亦属于火；脾属于土，则“肉”和“口”亦属于土；肺属于金，则“皮毛”和“鼻”亦属于金；肾属于水，则“骨”和“耳”、“二阴”亦属于水。
　　③五行学说还认为属于同一五行属性的事物，都存在着相关的联系。如方位的东和自然界的风、木以及酸味的物质都与肝相关。
　　对人体来说，是将人体的各种组织和功能归结为以五脏为中心的五个生理系统。
　　二）说明脏腑的生理功能与相互关系
　　①说明五脏的生理活动特点，如肝喜条达，有疏泄的功能，有“木”生发的特性，故以肝属“木”；心阳有温煦的作用，有“火”阳热的特性，故以心属“火”；脾为生化之源，有“土”生化万物的特性，故以脾属“土”；肺气主肃降，有“金”清肃、收敛的特性，故以肺属“金”；肾有主水、藏精的功能，有“水”润下的特性，故以肾属“水”。
　　②说明人体脏腑组织之间生理功能的内在联系。如肾（水）之精以养肝，肝（木）藏血以济心，心（火）之热以温脾，脾（土）化生水谷精微以充肺，肺（金）清肃下行以助肾水。这就是五脏相互资生的关系。肺（金）气清肃下降，可以抑制肝阳的上亢；肝（木）的条达，可以疏泄脾土的壅郁；脾（土）的运化，可以制止肾水的泛滥；肾（水）的滋润，可以防止心火的亢烈；心（火）的阳热，可以制约肺金清肃的太过，这就是五脏相互制约的关系。
　　③说明人体与外界环境四时五气以及饮食五味等的关系。总之，五行学说应用于生理，就在于说明人体脏腑组织之间，以及人体与外在环境之间相互联系的统一性。
　　三）说明脏腑间的病理影响　　
　　如肝病可以传脾，是木乘土；脾病也可以影响肝，是土侮木；肝脾同病，互相影响，即木郁土虚或土壅木郁；肝病还可以影响心，为母病及子；影响肺，为木侮金；影响肾，为子病及母。肝病是这样，其他脏器的病变也是如此，都可以用五行生克乘侮的关系，说明它们在病理上的相互影响。
　　四）用于疾病的诊断和治疗　　
　　（1）在疾病诊断上的运用
　　从本脏所主的色、味、脉来诊断本脏病。如面见青色，喜食酸味，脉见弦象，可以诊断为肝病；面见赤色，口味苦，脉象洪，可以诊断为心火亢盛。脾虚的病人，面见青色，为木来乘土；心脏病人，面见黑色，为水来乘火，等等。
　　从它脏所主的色、味、脉来诊断五脏疾病的传变情况。如脾虚病人，面见青色，脉现弦象，为肝病传脾（木乘土）；肺病之人，面见红色，脉现洪象，为心病传肺（火乘金）。五脏中任何一脏有病，都可以传及其他四脏，用五行学说来分析，存在着相乘、相侮、母病及子和子病及母四种传变关系。
　　从色与脉之间的生克关系来判断疾病的预后。如肝病面色青，见弦脉，为色脉相符。如果不见弦脉，反见浮脉，则属相胜之脉，则克色之脉（金克木），为逆，主预后不良；若见沉脉，则属相生之脉，即生色之脉（水生木），为顺，主预后良好。
　　（2）在疾病治疗上的运用
　　①控制五脏疾病的传变。如肝病能传脾（木乘土），预先予以补脾，防其传变。“见肝之病，则知肝当传之于脾，故先实其脾气”。
　　②确定治疗原则。概括为“补母泻子”法，即“虚则补其母，实则泻其子”。补母，是针对具有母子关系的虚证而治疗的，如肝虚补肾，因为肾为肝之母，所以补肾水可以生肝木。泻子，是针对具有母子关系的实证而治疗的，如肝实泻心，因为心为肝之子，所以泻心火有助于泻肝木。
　　根据相克关系来确定治疗原则，可以概括为“抑强肤弱”法，即泻其克者之强，补其被克者之弱。如肝木太过而乘脾土，肝木太过为强，必须泻之，脾土为弱，必须补之。
　　③制定治疗方法。 药物治疗方面，如滋水涵木法，是用滋补肾阴以涵养肝阴的方法，适用于肾阴亏损而肝阴不足的病证。又如培土生金法，是用健脾益肺的方法，适用于脾失健运而肺气虚弱的病证。又如扶土抑木法是用疏肝健脾药治疗肝旺脾虚的一种方法。
　　此外，在针灸和精神疗法方面，都可以利用五行的克制作用来选穴和调节情志。如悲可以胜怒，是因为悲为肺志属金，怒为肝志属木的缘故。
　　在实际运用的过程中，阴阳五行学说，常常是相互联系，不可分割的。阴阳五行学说的结合，不仅可以说明事物矛盾双方的一般关系，而且可以说明事物间相互联系、相互制约的较为具体和复杂的关系，从而有利于解释复杂的生命现象和病理过程。
　　五）四柱五行生克中对应需补的脏腑和部位
　　木: 肝与胆互为脏腑表里, 又属筋骨和四肢. 过旺或过衰, 较宜患肝, 胆,头, 颈, 四肢, 关节, 筋脉, 眼, 神经等方面的疾病.
　　火: 心脏与小肠互为脏腑表里, 又属血脉及整个循环系统. 过旺或过衰, 较宜患小肠, 心脏, 肩, 血液, 经血, 脸部, 牙齿, 腹部, 舌部等方面的疾病.
　　土: 脾与胃互为脏腑表里, 又属肠及整个消化系统. 过旺或过衰, 较宜患脾, 胃, 肋, 背, 胸, 肺, 肚等方面的疾病.
　　金: 肺与大肠互为脏腑表里, 又属气管及整个呼吸系统. 过旺或过衰, 较宜患大肠, 肺, 脐, 咳痰, 肝, 皮肤, 痔疮, 鼻气管等方面的疾病.
　　水: 肾与膀胱互为脏腑表里, 又属脑与泌尿系统. 过旺或过衰, 较宜患肾,膀胱, 胫, 足, 头, 肝, 泌尿, 阴部, 腰部, 耳, 子宫, 疝气等方面的疾病.
　　六）临床应用
　　祖国医学的五行学说，是将人体各部分归属成木、火、土、金、水五大类。同类事物之间发生纵的联系：例如属于木的，有肝、胆、目、筋、怒、青、酸、风等，其相互之间的联系是“肝开窍于目”，“肝主筋”，“怒伤肝”，肝病易生“肝风”等；望诊时，青色多属肝风，赤色多属心火，黄色多属脾湿，白色多属肺寒，黑色多属肾虚；
　　用药时，酸味入肝，苦味入心，甘味入脾，辛味入肺，咸味入肾等。各类事物之间发生横的联系：即运用生克、乘侮等变化来说明五脏之间在生理和病理情况下的相互联系。例如某一脏有病，既可以因生克关系由另一脏传来，也可以通过生克关系传到另一脏。“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”、“虚则补其母，实则泻其子”等就是这个理论的具体应用。